1941年1月，皖南事变后，八路军第五纵队改编为新四军第三师，下辖七、八、九旅。田守尧任八旅旅长，率部赴苏北盐阜地区开辟抗日根据地。

盐阜地区东临黄海，南接苏中，北依陇海铁路，西靠盐河，地域开阔，物产丰富，是华中与华北的交通枢纽，历来为兵家必争之地。田守尧率八旅进入盐阜地区时，社会秩序很不安定，日伪军经常出动“扫荡”，烧杀抢掠；土匪恶霸横行乡里，无恶不作；国民党顽军也不时下乡骚扰，人民群众苦不堪言。加上当地人民群众对新四军还不了解，因此，盐阜地区的各项工作一时难以全面展开。面对这种情况，田守尧根据师首长的指示，指挥部队首先打击日伪军，剿除土匪恶霸，安定民心，提高新四军在人民群众中的声望，取得群众对我军的支持。

田守尧指挥部队，于1941年2月15日，首先将最大最坏的盘踞在季家圩的顾豹岑600余土匪全部歼灭；接着，又指挥各团先后对民愤极大的反动地主武装和土匪进行镇压。这年夏季，高作—带的土匪趁日军对我“扫荡”之机，以偷袭手段捣毁了设在高作的新四军军部野战医院。田守尧派二十二团团长张天云率部将这股土匪全部歼灭。

日伪军对新四军进入盐阜地区极为不安。他们妄图趁八旅立足未稳之际，将其歼灭或赶出盐阜地区。因此，他们连续向盐阜区进攻、“扫荡”。二十四团二连在淮安县大胡庄遭到六七百日伪军突然包围。二连艰苦作战，连续打退敌人数次进攻，最后和敌人进行了肉搏，共毙伤日伪军100多人。我二连指战员除1名重伤战士幸存外，其余82人全部壮烈牺牲。田守尧得知这一惨烈事件后说：英勇的二连指战员，以压倒一切敌人的气概，沉重地打击侵略者，为中华民族的解放流尽了最后一滴血。他们气吞山河的浩然正气和视死如归的大无畏精神，永远是我们的学习榜样!

田守尧还指挥第八旅，粉粹了日伪军的多次“扫荡”。1941年9月，攻克日伪郑潭口据点，歼敌600余人，拔除了日伪插入我盐阜、淮海两个根据地之间的钉子。　1942年初，苏北日军为了应付太平洋战争爆发后的形势，开始修筑公路，增设据点，不断向我盐阜区“蚕食”，加紧推行“清乡”、伪化；盘踞在曹甸、凤谷村地区的国民党顽军韩德勤部，为扩大其反共阵地，亦不时出动，扰乱我根据地。

田守尧根据师首长的指示，在实行练兵、生产、精简的同时，积极开展对敌斗争，保卫了根据地。1942年1月，三师在阜宁县西北孙何庄举行军政大检阅，日伪军1000余人分两路向我进犯，企图破坏大会，袭击我根据地。田守尧指挥部队多次击退敌人的进攻。在敌人施放毒气时，仍顽强坚守阵地，出色地完成了阻击任务，保证了检阅大会顺利进行。

1934年初，中央军委指示，从盐阜抗日根据地抽调一批团以上干部到延安学习深造。田守尧是其中一员。3月16日，他们化装乘商船从盐河口出发。第二天7点多钟，在海上和鬼子的巡逻艇遭遇，战斗中三师参谋长、赴延安学习干部队队长彭雄负伤，任副队长的田守尧，端起枪把敌艇上几个鬼子打倒，然后叫大家下到二层舱里，严肃地说：“同志们，我们决不能让敌人得到我们一点东西，现在，大家把带的秘密文件撕掉，扔到海里！”他和旅供应部部长伍瑞卿在上层舱抵抗敌人，不久，伍瑞卿也负伤，他就带着警卫员和鬼子拼，坚持到下午3点多钟时，壮烈牺牲。